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        <dc:description xml:lang="en">&lt;html&gt;&lt;body&gt;&lt;title&gt;AT1G35540.1&lt;/title&gt;(&amp;uarr; Click "Links", if this line appears at the beginning.)&lt;br&gt;&lt;H1&gt;Other supporting information&lt;/H1&gt;&lt;table&gt;&lt;tr&gt;&lt;td colspan="2" align="left"&gt;&lt;b&gt;Gene Model&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td NOWRAP width="75"&gt;&lt;/td&gt;&lt;td NOWRAP&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u123554001000i/AT1G35540.1.gene_models.png" width="717"&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td colspan=2 align="left"&gt;&lt;b&gt;Correlation Plot&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td NOWRAP colspan="2" align="left"&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u123554001000i/AT1G35540.1.CorrPlot.jpg" width="800"&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;hr&gt;&lt;b&gt;Expression profile (Values are plotted in Log(2) values.)&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u123554001000i/AT1G35540.1.F0.Expression.png"&gt;&lt;br&gt;&lt;hr&gt;&lt;b&gt;Genes with related expresssion profiles.&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;table border=1&gt;&lt;tr&gt;&lt;th colspan=7 align="left"&gt;Positively Correlated Genes&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Gens&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PCC&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene(antisense)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u127221001000i"&gt;AT1G72210.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.769843&lt;/td&gt;&lt;td&gt;basic helix-loop-helix (bHLH) family protein (bHLH096)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P020840&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u121819101000i"&gt;AT1G18191.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.769681&lt;/td&gt;&lt;td&gt;Pseudogene of AT1G18200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u122764001000i"&gt;AT1G27640.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.76162&lt;/td&gt;&lt;td&gt;unknown protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u524366001000i"&gt;AT5G43660.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.745429&lt;/td&gt;&lt;td&gt;iron ion binding / oxidoreductase, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom each of oxygen into both donors&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u323296801000i"&gt;AT3G32968.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.738732&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u420559401000i"&gt;AT4G05594.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.731136&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u324528501000i"&gt;AT3G45285.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.728982&lt;/td&gt;&lt;td&gt;Encodes a ECA1 gametogenesis related family protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u520348001000i"&gt;AT5G03480.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.728951&lt;/td&gt;&lt;td&gt;nucleic acid binding / nucleotide binding&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u220225001000i"&gt;AT2G02250.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.728178&lt;/td&gt;&lt;td&gt;AtPP2-B2 (Phloem protein 2-B2)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u123215001000i"&gt;AT1G32150.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.72615&lt;/td&gt;&lt;td&gt;bZIP transcription factor family protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th colspan=7 align="left"&gt;Negatively Correlated Genes&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Gens&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PCC&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene(antisense)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u526242001000i"&gt;AT5G62420.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.725524&lt;/td&gt;&lt;td&gt;aldo/keto reductase family protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u324626001000i"&gt;AT3G46260.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.691891&lt;/td&gt;&lt;td&gt;protein kinase-related&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u223140001000i"&gt;AT2G31400.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.691546&lt;/td&gt;&lt;td&gt;pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT2P106630&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u120132001000i"&gt;AT1G01320.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.689794&lt;/td&gt;&lt;td&gt;tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P100115,OMAT1P100110&lt;/td&gt;&lt;td&gt;[OMAT1P100115]-, [OMAT1P100110]-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u127776001000i"&gt;AT1G77760.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.686803&lt;/td&gt;&lt;td&gt;NIA1 (NITRATE REDUCTASE 1)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P120360&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P022940&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u222454001000i"&gt;AT2G24540.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.685726&lt;/td&gt;&lt;td&gt;AFR (ATTENUATED FAR-RED RESPONSE)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT2P005040&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u521799001000i"&gt;AT5G17990.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.685231&lt;/td&gt;&lt;td&gt;TRP1 (tryptophan biosynthesis 1)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT5P006210&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u126914001000i"&gt;AT1G69140.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.680313&lt;/td&gt;&lt;td&gt;pseudogene, hypothetical protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P019540&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u127485001000i"&gt;AT1G74850.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.678055&lt;/td&gt;&lt;td&gt;PTAC2 (PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE2)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P119230&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u525682001000i"&gt;AT5G56820.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.676755&lt;/td&gt;&lt;td&gt;F-box family protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;br&gt;&lt;a href="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u123554001000i/AT1G35540.1-correlation.txt"&gt;Get whole results&lt;/a&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt; &lt;HR&gt;&lt;b&gt;Over-Representation Analysis Result&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;table border="1"&gt;&lt;tr bgcolor=#FF69B4&gt;&lt;td&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 1.00e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;:20 terms with high significance&lt;/td&gt;&lt;/a&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFACD&gt;&lt;td&gt;1.00e-06 &lt; &lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 8.76e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;                  :With considering multiple testing correction;&lt;br&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt; &lt;=  1.00e-02 / 1142&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;8.76e-06 &lt; &lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 1.00e-02&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;br&gt;&lt;table border="1"&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Type of term (*1)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Depth of the term in ontology tree&lt;/th&gt;&lt;th&gt;ID/Term&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Description&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Number of genes&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Over-Representative rate (*2)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value (*3)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PosMed &lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value (*4)&lt;br&gt; (Link to PosMed)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Found on gene annotation&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;PS&lt;/td&gt;&lt;td&gt;4&lt;/td&gt;&lt;td&gt;PO:0006345&lt;/td&gt;&lt;td&gt;pollen tube&lt;/td&gt;&lt;td&gt;44/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.51&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.70e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor="#555555" height="10"&gt;&lt;td colspan="9"&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;PG&lt;/td&gt;&lt;td&gt;5&lt;/td&gt;&lt;td&gt;PO:0007605&lt;/td&gt;&lt;td&gt;androecium developmental stages&lt;/td&gt;&lt;td&gt;43/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.47&lt;/td&gt;&lt;td&gt;3.30e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor="#555555" height="10"&gt;&lt;td colspan="9"&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;pollen&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;21/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.35&lt;/td&gt;&lt;td&gt;9.47e-05&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;germinated&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;15/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.71&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.54e-04&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;mature&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;20/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.24&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.65e-04&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;anthesis&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;26/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.98&lt;/td&gt;&lt;td&gt;3.02e-04&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;cellular_component&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;64/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.31&lt;/td&gt;&lt;td&gt;5.61e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;table&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*1)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;[PS]:Plant Structure(Plant ontology), [PG]:Growth and developmental stages(Plant ontology), [KW]:words found in gene description.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*2)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;([# of genes with the term] / [# of sampling (200)]) / ([# of genes with the term among whole genes] / [# of whole genes])          &lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*3)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;P-values were calculated on hypergeometric distribution in which we found &lt;i&gt;n&lt;/i&gt; genes with a annotation term during 200           highly correlated genes, while we had &lt;i&gt;N&lt;/i&gt; genes           with the term in the whole genes.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*4)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="http://omicspace.riken.jp/PosMed-plus/"&gt;PosMed&lt;/a&gt; is a system which serve a p-values showing a relationship           between the gene and the annotation term based on literature information and Gene-Gene interaction suchas co-expression or           protein-protein interactions.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;hr&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s904i"&gt;Top Page&lt;/a&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</dc:description>
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